El manto: este fino velo de carne constituye la parte más externa del cuerpo blando de la ostra y garantiza el crecimiento y desarrollo de la concha de la ostra. También contribuye a la fabricación de la madreperla que recubre su interior.
La charnela: controla la apertura de la ostra mientras que el músculo aductor la mantiene cerrada. Este músculo debe ser cortado al abrir la concha.
Las branquias: tienen un papel bien definido que garantiza la respiración y el suministro de nutrientes hasta la boca de la ostra. Los cilios presentes en los ejes de las branquias crean un flujo de agua que ayuda a transportar las partículas de alimento hacia la ostra. El plancton (fitoplancton y zooplancton), pequeños organismos que siguen las corrientes, constituye el alimento de la ostra.
El hepatopáncreas: órgano digestivo de la ostra, que actúa como páncreas y hígado a la vez. Se encarga tanto de la síntesis de enzimas digestivas como de la asimilación y almacenamiento de nutrientes.
Por otro lado, la ostra no tiene cabeza: no posee un sistema nervioso central.
La alimentación absorbida por la ostra (fitoplancton) puede tener un impacto en el color de su cuerpo blando. Por ejemplo, la presencia de ciertas microalgas puede influir en el color de las branquias, los palpos labiales o el borde del manto. Esto es evidente en el caso de la navícula azul (Haslea ostrearia), presente en los estanques de Marennes-Oléron, que le confiere ese color verde característico de las Fines de Claires Vertes de esta IGP.
La ostra es un animal hermafrodita sucesivo, lo que significa que es alternativamente macho y hembra a medida que crece. Estudios han demostrado que una ostra de dos años puede cambiar de sexo varias veces durante un mismo verano. Este fenómeno se explica por la salinidad del agua, una característica constantemente cambiante en este entorno único sometido a las fluctuaciones de las mareas y las corrientes fluviales.
La temperatura del agua es el factor que desencadena la preparación y el proceso de reproducción de la ostra. Tan pronto como la temperatura del agua supera los 10°C (generalmente a partir de la primavera), la ostra produce sus gametos, que libera cuando la temperatura del agua alcanza cerca de 18°C. La unión de los gametos masculinos y femeninos produce una larva microscópica que luego deriva a merced de las corrientes.